Пункція фолікулів проводиться через склепіння піхви спеціальною голкою під контролем ультразвуку.

   Зазвичай пункція проводиться під короткочасним (10-20 хвилин) загальним наркозом. У піхві знаходиться трансвагінальний ультразвуковий датчик, за допомогою якого візуалізуються зрілі фолікули, і тонка голка вводиться у фолікули через стінку піхви. Яйцеклітини одна за одною аспіруються (відсмоктуються) з фолікулів через голку, приєднану до аспіраційного насоса. Пункція фолікулів зазвичай займає не більше 30 хвилин. Після пункції бажано відпочити в палаті 2-3 години і після цього пацієнтку відпускають додому. Деякі жінки відчувають хворобливі спазми в день пункції, але наступного дня ці відчуття зникають. Відчуття розпирання або тиску в черевній порожнині може зберігатися протягом декількох днів після процедури.

   У деяких ситуаціях один або два яєчника можуть бути недоступними для трансвагінальної пункції. У цих випадках для здобуття яйцеклітин може бути потрібною лапароскопія.